MP4播放器所使用的嵌入式操作系统有Windows CE、Linux和厂商自行开发的操作系统，也有部分MP4播放器不使用任何操作系统。

　　目前，使用Intel解决方案的MP4播放器基本上使用的都是WinCE平台，PMC（Portable Media Center）操作系统就是在Windows CE.NET基础上设计的。它使用了为便携式媒体中心特别提供的Windows Mobile软件，内置Windows Media Player播放器，采用了包括Windows Media Audio 9、Windows Media Video 9 和 MP3编解码器的Windows Media 9技术，并采用了Windows DRM（Digital rights management，数字版权管理）技术。

　　我们可以把PMC看着实掌上电脑的简化版。由于它采用开放式架构，支持软件扩展，因此可以通过第三方软件的安装来实现诸如个人事务管理、网络浏览、电子书阅读等不同的功能。Intel的解决方案支持微软WinCE 5.0和PMC操作系统，同时也可支持Linux；同样，AMD和TI的解决方案也支持WinCE和Linux。

　　虽然Intel和AMD风光无限，但在MP4播放器领域，Linux的阵营要比PMC阵营强大的多。采用了Linux的MP4品牌随处可见，比如大名鼎鼎的爱可视，国内的很多品牌也是采用Linux的；而iRiver则同时推出了采用PMC和Linux操作系统的MP4产品。

　　Linux在媒体格式的支持方面比PMC要开放得多，由于Linux的开放性，使得很大一部分软件可以免费进行移植修改，节约了大量的授权费用。厂商也可以为产品开发出更加丰富的应用功能，如电子邮件、游戏乃至GPS。

　　除了以上两种操作系统之外，有些实力较强的厂商也开发了自己专用的操作系统，如飞利浦方案提供商就向MP4生产商提供了耗费内存空间相当小的的免费实时操作系统。

　　操作系统的不同让MP4产品呈现出千姿百态的景象。